Il metodo Hay si basa su cinque regole fondamentali.
1) Amidi e zuccheri non devono essere mangiati nello stesso pasto assieme alle proteine e ai frutti acidi.
2) Verdure, insalate e frutta devono costituire la parte maggiore della dieta.
3) Proteine, amidi e grassi devono essere assunti in modiche quantità.
4) Vanno utilizzati solamente i cereali integrali e i cibi amidacei non raffinati. Tutti gli alimenti raffinati e lavorati vanno considerati tabù, in particolare la farina bianca e lo zucchero raffinato e tutti gli alimenti in cui compaiono come ingredienti, e i grassi che hanno subito lavorazioni industriali come le margarine.
5) Tra i pasti di tipo diverso deve passare un intervallo di almeno quattro ore.
La regola principale del Metodo Hay, quella di non mescolare i carboidrati (come gli amidi e gli zuccheri) con le proteine e la frutta acida, viene spesso fraintesa, anche se si basa su sani principi fisiologici a lungo esistiti e da tempo dimenticati. Per capire questa regola è perciò necessario spiegare la classificazione dei carboidrati e delle proteine nel contesto delle combinazioni di alimenti compatibili. Per proteine in questo contesto si intendono le proteine concentrate (20% o più) contenute in alimenti di origine animale (carne, pesce, formaggio, pollame) Per carboidrati in questo contesto si intendono gli amidi concentrati (20% o più) contenuti in alimenti come cereali, pane, pasta, patate e zuccheri. La mancata comprensione di questa classificazione è stata la ragione per cui molti ricercatori hanno abbandonato la teoria amidi/proteine ritenendola destituita di fondamento. L’argomento addotto per confutare questa teoria è che la natura stessa in molti casi combina insieme amidi e proteine. Così se fosse sbagliato combinare nello stesso pasto questi due principi nutritivi, la natura stessa sarebbe in errore. Di primo acchito questo argomento sarebbe inattaccabile; è ampiamente riconosciuto che la natura non fa errori. A secondo sguardo questo argomento rivela superficialità di pensiero; la natura infatti non combina mai nello stesso alimento un’alta concentrazione di proteine (come nella carne) con un’alta concentrazione di amidi (come nei cereali) La carne sì contiene carboidrati, ma sotto forma di glicogeno che necessita, quando la richiede, una scarsa opera di digestione; la sua presenza non interferisce quindi con le condizioni necessarie per la digestione delle proteine. Analogamente, è vero che i cereali contengono circa il 10% di proteine, ma sono incomplete e non in forma così concentrata come nella carne; la loro presenza non interferisce quindi con le condizioni necessarie per la digestione degli amidi. Con l’unica eccezione dei legumi secchi (piselli, fagioli, ceci, lenticchie, arachidi) la natura combina amidi e proteine nello stesso cibo in una forma e proporzioni che consentono una perfetta digestione e in modo tale, per di più, che ogni cibo sia prevalentemente amidaceo o prevalentemente proteico.